Численность населения Земли достигла критической отметки в одиннадцать миллиардов, и более девяти миллиардов человек были вынуждены отправиться жить в космические колонии.Скопление колоний, находящихся в одной области, называют Стороной. После неудавшихся переговоров с Федерацией Земли, группа колоний Стороны 3 провозгласила себя независимой

Война продолжается, на Земле и в космосе идут ожесточенные схватки. Амуро Рэй и экипаж «Белой Базы» должны проложить путь к штаб-квартире Федерации Земли, осаждаемой Зеоном. На пути их подстерегают новые враги и множество препятствий, которые они должны преодолеть. Хватит ли Амуро жизненного опыта и навыков пилота, чтобы пройти через все

Одногодичная война подходит к концу. Потерпев поражение на Земле, силы Зеона отступают. Амуро Рэй узнаёт больше о своих Ньютайп-способностях и пытается использовать их. Ему суждено вновь столкнуться со злейшим врагом, Чаром Азнаблем, который тоже является Ньютайпом. Грядёт великая битва, близкие люди снова в опасности. Сможет ли Федерация Земли