Одногодичная война подходит к концу. Потерпев поражение на Земле, силы Зеона отступают. Амуро Рэй узнаёт больше о своих Ньютайп-способностях и пытается использовать их. Ему суждено вновь столкнуться со злейшим врагом, Чаром Азнаблем, который тоже является Ньютайпом. Грядёт великая битва, близкие люди снова в опасности. Сможет ли Федерация Земли

Конец тысячелетия был ознаменован неминуемым концом света. Каждую 1000 лет Ла-Метал, огромная планета, населенная высокоразвитой цивилизацией, по пути своей орбиты проходит рядом с Землей, принося тем самым множество ужасных катаклизмов и стихийных бедствий. В 1999 году Ла-Метал пройдет настолько близко к Земле, что велик риск столкнуться с ней.